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医療機関におすすめの労務管理システム7選|病院・クリニック向けに機能や選び方を解説

更新日 2026年06月18日
医療機関では、医師・看護師・事務職など職種ごとに勤務形態が異なり、夜勤・当直・オンコール、シフト変更、残業時間の管理が複雑になりがちです。紙やExcelで管理していると、打刻漏れや集計ミスが発生しやすく、様式9の作成や医師の働き方改革への対応にも手間がかかります。
労務管理システムを導入すれば、勤怠管理やシフト作成、休暇申請、残業時間の集計、給与計算ソフトとの連携などを効率化しやすくなります。ただし、医療機関向けに適した機能や対応範囲はサービスによって異なるため、自院の規模や勤務形態に合うシステムを選ぶことが重要です。
この記事では、医療機関におすすめの労務管理システム7選を紹介します。あわせて、医療機関で労務管理システムが必要な理由、選び方、費用、導入時の注意点も解説するため、病院・クリニックの勤怠管理や労務管理を見直したい方は参考にしてください。

医療機関におすすめの労務管理システム7選

医療機関におすすめの労務管理システム
医療機関向け労務管理システムには、勤怠管理やシフト作成、休暇申請、残業時間の集計に加え、夜勤・当直・オンコールなど複雑な勤務形態を管理できるものがあります。様式9の作成や医師の働き方改革への対応に役立つシステムもあるため、ここでは医療機関特有の勤務形態への対応力や打刻のしやすさ、給与計算システムとの連携性などを踏まえて、おすすめの労務管理システムを紹介します。

サービス名

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主な特徴

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奉行Edge 勤怠管理クラウド

奉行Edge 勤怠管理クラウド

株式会社オービックビジネスコンサルタント
出典:奉行Edge 勤怠管理クラウド https://www.obc.co.jp/bugyo-edge/attend
参考価格
11,800
トライアルあり
IT導入補助金対象

医師・看護師の複雑な勤務体系を法令に沿って管理したい医療機関向け

強み  
・日跨ぎ勤務、夜勤、当直、オンコールなど医療現場特有の勤怠管理に対応
・自己研鑽時間や副業・兼業先の労働時間管理、勤務間インターバルの管理が可能
・36協定に沿った労働時間管理や、様式9・予実2段勤務表の自動作成にも対応
  
---  

奉行Edge 勤怠管理クラウドは、株式会社オービックビジネスコンサルタントが提供するクラウド型の勤怠管理システムです。病院・クリニック・診療所・歯科医院・薬局・介護医療施設などの医療・福祉業向けに、日跨ぎ勤務や夜勤、当直、オンコールなど複雑な勤務体系の管理を支援します。

医師の働き方改革に対応するための労働時間管理にも活用でき、自己研鑽時間や副業・兼業先の労働時間、時間外労働の上限、勤務間インターバルなどを把握できます。様式9や予実2段勤務表の自動作成、電子カルテ・PC操作時刻との乖離チェックにも対応しているため、紙やExcel中心の勤怠管理を見直し、法令遵守と業務効率化を両立したい医療機関に向いています。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • 自動連携できる給与計算システムあり
Universal勤次郎

Universal勤次郎

勤次郎株式会社
出典:Universal勤次郎 https://www.kinjiro-e.com/uk-lp/
参考価格
お問い合わせ
IT導入補助金対象

夜勤・オンコール・様式9までまとめて管理したい医療・福祉機関向け

強み
・勤怠管理と健康管理を一元化し、就業・人材・給与・健康のデータをつなげて管理できる
・夜勤やオンコールの回数集計に対応し、手当管理に活用できる
・様式9や常勤換算表の出力までワンストップで対応  

---    

Universal 勤次郎は、勤次郎株式会社が提供する勤怠管理・健康管理システムです。勤怠管理と健康管理を同時に行えるクラウドサービスとして提供されており、就業・人材・給与・健康のデータをつなげて管理できます。

医療・福祉系の勤務管理では、夜勤やオンコールの回数集計に対応しているため、医師・看護師・介護職などの勤務実績や手当管理に活用できます。様式9や常勤換算表の出力にも対応しているため、紙やExcelでの勤務表作成・集計を見直し、勤怠管理と健康管理をまとめて効率化したい医療機関・福祉施設に向いています。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • 自動連携できる給与計算システムあり
TeamSpirit勤怠

TeamSpirit勤怠

株式会社チームスピリット
出典:TeamSpirit勤怠 https://www.teamspirit.com/am/
参考価格
24,000
円~
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

勤怠管理と労務手続きを同じ基盤で効率化したい医療法人向け

強み
・多様な打刻方法と申請承認、給与連携に対応
・勤怠データの集計や労務状態の可視化が可能
・入退社、雇用契約、社会保険・雇用保険手続きを一元管理  

---      

TeamSpiritは、株式会社チームスピリットが提供する勤怠管理・労務管理システムです。勤怠管理では、PCやモバイル、ICカード、生体認証、QRコードなど複数の打刻方法に対応しており、職員の勤務場所や働き方に合わせて出退勤を記録できます。申請承認、勤怠データの集計、労務状態の可視化、給与連携にも対応しているため、紙やExcelでの勤怠集計を見直したい医療法人に活用しやすいサービスです。

労務管理では、入退社手続きに必要な個人情報の収集から雇用契約、社会保険・雇用保険の各種届出まで一元管理できます。身上変更や雇用契約通知、書類管理、タスク進捗管理にも対応しているため、勤怠管理だけでなく、職員情報や労務手続きまでまとめて整備したい医療機関に向いています。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
  • 自動連携できる給与計算システムあり
CWS就業管理システ�ム

CWS就業管理システム

インフォコム株式会社
出典:CWS就業管理システム https://service.infocom.co.jp/healthcare/ope/cws-lp/index.html
参考価格
お問い合わせ
トライアルあり

病院特有の勤務形態や労働時間を正確に管理したい医療機関向け

強み
・夜勤、当直、オンコールなど医療機関特有の勤務形態に対応
・出退勤打刻や時間外申請をもとに労働時間を適正に把握
・様式9、長時間労働アラート、給与システム連携に対応  

--- 

CWS就業管理システムは、インフォコム株式会社が提供する医療機関向けの就業管理システムです。看護部門の勤務表作成や医師の日当直、OPE室の待機勤務など、病院特有の勤務形態に対応しています。夜勤、当直、オンコールといった複雑な勤務形態を管理できるため、医師・看護師を含む多職種の勤務状況を一元的に把握したい医療機関に活用しやすいシステムです。

出退勤打刻や時間外申請、年休取得状況などを集約し、出勤簿の電子化や労働時間の適正把握を支援します。時間外勤務の自己申告内容との整合性チェック、長時間労働へのアラート、様式9への対応、給与システム連携も可能なため、紙やExcelでの勤怠管理を見直し、働き方改革への対応と勤怠集計の効率化を進めたい病院に向いています。       

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 自動連携できる給与計算システムあり
  • 変形労働時間制への対応
ジョブカン勤怠管理

ジョブカン勤怠管理

株式会社DONUTS
出典:ジョブカン勤怠管理 https://jobcan.ne.jp/
参考価格
無料
無料プランあり
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

シフト制の職員が多い医療機関の勤怠管理を効率化したい方向け

強み
・ICカードやGPSなど複数の打刻方法に対応
・複雑なシフト作成や休暇申請・承認を管理できる
・勤怠データの出力や給与計算との連携が可能  

---   

ジョブカン勤怠管理は、株式会社DONUTSが提供するクラウド型の勤怠管理システムです。出勤管理、シフト管理、休暇・申請管理、工数管理の機能を必要に応じて組み合わせて利用でき、職員数や勤務形態に合わせて運用しやすい点が特徴です。

ICカードやGPSなどの打刻方法に対応しており、打刻情報はリアルタイムで出勤簿に反映されます。シフト管理では、スマートフォンやPCからのシフト申請、申請内容をもとにしたシフト作成、複雑なシフトパターンへの対応が可能です。

休暇申請や承認、勤怠データのCSV・Excel出力、ジョブカン給与計算との連携にも対応しているため、紙やExcelでの勤怠集計を見直し、シフト制の職員が多い病院・クリニックの勤怠管理を効率化したい場合に向いています。

主な機能
  • ICカード打刻
  • PC打刻・Web打刻
  • 静脈認証打刻
  • GPS打刻(位置情報記録)
XronosPerformance

XronosPerformance

クロノス株式会社
出典:XronosPerformance https://www.xronos-inc.co.jp/products/xronos/
IT導入補助金対象

複雑なシフトや残業時間をまとめて管理したい医療機関向け

強み
・変形労働制や多様な勤務形態に対応
・シフト管理、残業時間アラート、有休管理が可能
・勤怠データを自動集計し、給与ソフト連携用データを作成できる  

--- 

クロノスPerformanceは、クロノス株式会社が提供する勤怠管理システムです。勤務時間の自動集計をはじめ、変形労働制や有休管理、給与ソフトに連動するデータ作成に対応しており、多様な勤務形態の勤怠管理を効率化できます。

シフトや事由の一括登録・修正、打刻情報をもとにした残業時間や各種申請の自動集計、時間外労働の上限規制に対応した残業時間アラートなども利用できます。医療機関特化のシステムではありませんが、日勤・夜勤・シフト勤務など複数の勤務パターンがある病院・クリニックで、紙やExcelによる勤怠集計を見直したい場合に向いています。    

主な機能
  • ICカード打刻
  • 静脈認証打刻
  • 自動連携できる給与計算システムあり
  • フレックスタイム制への対応
KING OF TIME

KING OF TIME

株式会社ヒューマンテクノロジーズ
出典:KING OF TIME http://www.kingtime.jp/
参考価格
300
/ユーザー
トライアルあり
IT導入補助金対象
上場企業導入実績あり

多様な勤務形態や複数拠点の勤怠をまとめて管理したい医療機関向け

強み
・PC、スマートフォン、ICカード、生体認証など多様な打刻方法に対応
・シフト管理、残業時間管理、有休管理、申請承認をまとめて行える
・勤怠管理に加え、人事労務や給与、データ分析まで同一シリーズで管理できる

--- 

KING OF TIMEは、株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する勤怠管理・人事給与システムです。PCやスマートフォン、ICカード、生体認証など複数の打刻方法に対応しており、職員の勤務場所や勤務形態に合わせて出退勤を記録できます。

シフト管理、残業時間管理、有休管理、申請承認、給与計算ソフトとの連携、帳票出力などに対応しているため、日勤・夜勤・非常勤など複数の勤務パターンがある病院・クリニックでも活用しやすいシステムです。勤怠管理に加え、人事労務や給与、データ分析、電子契約の機能も提供されているため、紙やExcelでの勤怠集計を見直し、労務管理全体の効率化を進めたい医療機関に向いています。 

主な機能
  • 勤務希望・休み希望の収集
  • ICカード打刻
  • 提出のリマインド
  • PC打刻・Web打刻
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医療機関で労務管理システムが必要な理由

医療機関で労務管理システムが必要な理由
医療機関では、職種ごとに勤務形態が異なり、夜勤・当直・オンコールなどの管理も複雑になりがちです。ここでは、医療機関で労務管理システムが必要とされる主な理由を解説します。

医師・看護師・事務職で勤務形態が異なる

医療機関では、医師・看護師・医療事務・検査技師・薬剤師など、さまざまな職種の職員が働いています。職種ごとに勤務時間やシフト、残業の発生状況が異なるため、全職員を同じルールで管理するのは難しい場合があります。
例えば、看護師は夜勤や交代制勤務が多く、医師は外来・病棟・当直・オンコールなど複数の勤務が発生します。一方で、事務職は日勤中心の固定勤務であることも多いでしょう。職種や部署ごとに勤務ルールを設定できるシステムであれば、複雑な勤務実態を整理しながら、一元的に管理しやすくなります。

夜勤・当直・オンコールの管理が複雑になりやすい

病院や一部のクリニックでは、夜勤・当直・オンコールなど、通常の日勤とは異なる勤務が発生します。これらの勤務は、勤務時間の集計や休息時間の確認、手当の計算などが複雑になりやすく、紙やExcelで管理していると担当者の負担が大きくなりがちです。
特に、急な欠勤や勤務交代が発生した場合、シフト表と実際の勤務実績にズレが生じることもあります。勤務パターンごとの登録や実績管理に対応したシステムなら、夜勤回数・当直状況・残業時間などを確認しやすくなります。管理者の確認作業を減らせるだけでなく、過重労働の早期発見にもつながります。

紙やExcelでは打刻漏れ・集計ミスが発生しやすい

紙のタイムカードやExcelで勤怠管理を行っている場合、打刻漏れや入力ミス、集計ミスが発生しやすくなります。月末にまとめて勤務時間を確認する運用では、修正作業や本人確認に時間がかかり、労務担当者の負担が大きくなることもあります。
医療機関では勤務形態が複雑なため、日勤・夜勤・当直・残業・休暇などを手作業で集計すると、確認すべき項目が多くなります。打刻データを自動集計できる仕組みがあれば、手作業によるミスを減らしやすくなります。リアルタイムで勤務状況を確認できれば、打刻漏れや残業超過にも早めに対応できます。

医師の働き方改革で労働時間管理の重要性が高まっている

医師の働き方改革により、医療機関では医師の時間外労働や勤務間インターバルなど、労働時間の管理がより重要になっています。勤務実態を正確に把握できていない場合、長時間労働や過重労働を見逃すリスクがあり、職員の健康管理や労務コンプライアンスの面でも課題が残ります。
医師ごとの勤務時間や残業時間を可視化できると、労働時間の偏りや上限超過の兆候を把握しやすくなります。一定時間を超えそうな場合にアラートを出せるシステムであれば、早めの勤務調整にも役立ちます。医師の働き方改革に対応するうえでも、正確な労働時間の把握は欠かせないポイントです。

様式9や施設基準に関わる勤務実績の管理が欠かせない

病院では、施設基準に関わる勤務実績の管理が必要になる場合があります。特に様式9に関する業務では、看護職員の勤務時間や夜勤時間などを正確に集計する必要があり、手作業で対応すると確認や転記に多くの時間がかかります。
勤務実績の管理が不十分だと、必要なデータの確認に手間取ったり、集計ミスが発生したりする可能性があります。様式9の作成や勤務時間集計に対応したシステムを選べば、必要なデータを効率よく確認でき、担当者の作業負担を軽減できます。施設基準への対応を安定して行うためにも、正確な勤怠データの管理は重要です。

医療機関向け労務管理システムを選ぶ際のポイント

医療機関向け労務管理システムを選ぶ際のポイント
医療機関向けの労務管理システムを選ぶ際は、一般的な勤怠管理機能だけでなく、夜勤・当直・オンコール、様式9、医師の働き方改革など、医療機関特有の業務に対応できるかを確認することが重要です。ここでは、導入前に確認したいポイントを解説します。

施設規模や夜勤・当直などの勤務形態に合っているか

労務管理システムは、小規模クリニック向けのシンプルなものから、大規模病院・医療法人向けの多機能なものまであります。職員数や拠点数、勤務形態に合わないシステムを選ぶと、必要な機能が不足したり、反対に運用が複雑になったりする可能性があります。
無床クリニックであれば、出退勤管理や休暇申請をシンプルに扱えるシステムが候補になります。一方、病棟を持つ病院では、夜勤・当直・オンコール、複数職種のシフト管理などに対応できるかを確認しましょう。

様式9の作成や医師の働き方改革に対応できるか

病院では、施設基準に関わる勤務実績の管理が必要になる場合があります。様式9関連書類では、看護職員・看護補助者の勤務時間や夜勤時間帯の勤務に関する記載項目があるため、必要な勤怠データを正確に集計できるかが重要です。
また、2024年4月から医師の働き方改革に関する新制度が施行され、医師の時間外労働や勤務実態の管理がより重視されています。様式9の作成補助、勤務時間集計、時間外労働の可視化、アラート機能など、目的に合う機能があるか確認しましょう。

職員が無理なく使える打刻方法・操作画面か

医療機関では、医師・看護師・事務職など職種によって働く場所や勤務時間が異なります。そのため、PC打刻だけでなく、ICカード、スマートフォン、タブレットなど、現場に合う打刻方法を選べるかが重要です。
操作が複雑だと、打刻漏れや修正依頼が増え、かえって管理者の負担が大きくなる可能性があります。実際に利用する職員が迷わず操作できるか、管理者が勤務状況を確認しやすい画面になっているかを、デモやトライアルで確認しておくと安心です。

給与計算ソフトや院内システムと連携しやすいか

勤怠データを給与計算ソフトへ手入力している場合、転記ミスや確認作業が発生しやすくなります。夜勤手当、当直手当、残業時間など、給与計算に関わる項目が多い医療機関では、勤怠データをスムーズに連携できるかを確認しておくことが大切です。
また、医療機関によっては電子カルテや既存の院内システムとの相性も確認が必要です。すべてのシステムが連携できるとは限らないため、連携可能なソフト、CSV出力の可否、連携できる項目を事前に確認しましょう。

導入時の設定支援や運用後のサポートがあるか

医療機関では、部署や職種ごとに勤務ルールが異なるため、導入時の初期設定や運用ルールの整理が重要です。打刻ルール、残業申請、シフト変更、休暇申請などを曖昧なまま導入すると、現場で混乱が生じる可能性があります。
導入前には、初期設定の支援、操作説明、マニュアル提供、問い合わせ対応の範囲を確認しましょう。運用開始後も設定変更や法改正対応について相談できるサポート体制があると、システムを現場に定着させやすくなります。
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医療機関向け労務管理システムの費用で確認すべきこと

医療機関向け労務管理システムの費用は、利用人数や必要な機能、導入形態、外部システムとの連携範囲によって変わります。公開料金があるサービスもありますが、病院向けの個別設定や既存システムとの連携が必要な場合は、見積もりが必要になるケースもあります。

確認項目

見ておきたい内容

クラウド型は月額制で利用できるサービスが多い

クラウド型の労務管理システムは、月額制で利用できるサービスが多く、初期費用を抑えて導入しやすい傾向があります。サーバーを自院で用意する必要がないため、比較的短期間で運用を始めやすい点も特徴です。
ただし、月額料金に含まれる機能はサービスによって異なります。勤怠管理、シフト作成、申請機能、打刻機器、サポート範囲など、必要な機能を含めた総額で確認しましょう。

大規模病院向けは個別見積もりになる場合がある

大規模病院や医療法人では、職員数が多く、複数拠点・複数職種の勤務管理が必要になることがあります。既存の給与計算ソフトや人事労務システムとの連携、独自の勤務ルールへの対応が必要な場合は、個別見積もりになるケースもあります。
費用を確認する際は、月額費用だけでなく、初期設定費用、カスタマイズ費用、連携費用、サポート費用の有無も見ておきましょう。特に病院向けの運用では、導入前の設定支援や運用設計が必要になる場合があります。

料金は利用人数・機能・連携範囲で変わる

労務管理システムの料金は、利用人数や利用する機能によって変わります。勤怠管理のみを利用する場合と、シフト管理、休暇申請、残業申請、給与計算連携などを含める場合では、必要なプランやオプションが異なることがあります。
医療機関では、夜勤・当直・オンコール、複数職種の勤務ルール、様式9に関わる勤務時間集計など、確認すべき項目が多くなりがちです。見積もり前に必要な機能と不要な機能を整理しておくと、サービスごとの費用を比較しやすくなります。

費用だけでなく削減できる業務工数も比較する

労務管理システムは、料金の安さだけで選ぶと、現場の運用に合わず、確認や修正の手間が増える可能性があります。特に医療機関では、シフト作成、勤怠集計、様式9に関わる勤務時間集計、残業時間の確認など、効率化できる業務が複数あります。
費用を比較する際は、月額料金だけでなく、どの業務をどれだけ効率化できるかも確認しましょう。労務担当者や管理者の作業時間を減らせるか、集計ミスや確認漏れを防げるかまで見ることで、費用対効果を判断しやすくなります。

医療機関が労務管理システムを導入する際の注意点

医療機関が労務管理システムを導入する際の注意点
医療機関で労務管理システムを導入する際は、院内の運用ルールを事前に整理しておくことが重要です。打刻方法や申請フロー、必要な出力項目を確認しておくと、導入後の混乱を防ぎやすくなります。

現場の勤務ルールを整理してから導入する

医療機関では、医師・看護師・事務職など職種によって勤務時間や働き方が異なります。夜勤・当直・オンコール、変形労働時間制、部署ごとのシフトルールなどがある場合、勤務ルールを整理しないまま導入すると、システム設定が複雑になりやすいです。
導入前には、職種別・部署別の勤務時間、休憩時間、残業申請の扱い、シフト変更時の対応などを確認しておきましょう。現場の勤務実態を整理してから設定に反映することで、運用開始後の混乱や修正作業を減らしやすくなります。

打刻・申請・承認フローを事前に決めておく

労務管理システムを導入しても、出退勤の打刻タイミングや申請・承認の流れが曖昧だと、打刻漏れや修正依頼が増える可能性があります。特に医療機関では、急な勤務交代や残業、夜勤明けの打刻など、判断に迷いやすい場面も少なくありません。
導入前には、出勤・退勤をどのタイミングで打刻するのか、残業申請を誰が承認するのか、シフト変更時の承認フローをどうするのかを決めておくことが大切です。ルールを明確にしておけば、職員も管理者も迷わず運用しやすくなります。

様式9や医師の働き方改革で必要な出力項目を確認する

様式9の作成や医師の働き方改革への対応を目的に導入する場合は、必要なデータを出力できるかを事前に確認する必要があります。勤怠データを集計できるシステムでも、様式9に必要な勤務時間や夜勤時間などを、自院で使いやすい形式で確認できるとは限りません。
医師の労働時間管理では、時間外労働の集計や勤務間インターバル、長時間労働のアラートなどを確認したいケースもあります。必要な帳票や集計項目を事前に洗い出し、システムで対応できる範囲を確認しておくと、導入後の追加作業を防ぎやすくなります。

職員への周知方法と問い合わせ先を用意する

労務管理システムは、労務担当者だけでなく、医師・看護師・事務職など多くの職員が日常的に使うものです。操作方法が十分に伝わっていないと、打刻漏れや申請ミスが増え、結果として管理者の確認作業が増える可能性があります。
導入時には、職員向けの操作マニュアルや説明資料を用意し、必要に応じて説明会を実施するとよいでしょう。あわせて、操作に迷ったときの問い合わせ先を明確にしておけば、現場での混乱を抑えやすくなります。

既存システムとの連携方法を導入前に確認する

給与計算ソフトや人事労務システムなどを利用している場合は、導入予定の労務管理システムとどのように連携できるかを確認しておきましょう。自動連携できるのか、CSV出力・取り込みが必要なのかによって、導入後の作業負担が変わります。
また、連携できる項目や出力形式、連携設定にかかる費用もサービスによって異なります。勤怠データを給与計算へ反映する流れまで確認しておくと、転記ミスや二重入力を防ぎやすくなり、バックオフィス業務の効率化にもつながります。

まとめ|医療機関の労務管理は勤務実態に合うシステム選びが重要

医療機関では、医師・看護師・事務職など職種ごとに勤務形態が異なり、夜勤・当直・オンコールを含む複雑な労務管理が必要です。紙やExcelで勤怠を管理している場合、打刻漏れや集計ミスが起こりやすく、様式9の作成や医師の働き方改革への対応にも手間がかかることがあります。
労務管理システムを導入すれば、勤怠データの集計やシフト管理、残業時間の把握、給与計算との連携などを効率化しやすくなります。ただし、対応できる機能やサポート範囲はシステムによって異なるため、自院の規模や勤務形態に合うかを確認することが大切です。
特に医療機関では、様式9に関わる勤務時間集計、医師の時間外労働管理、夜勤・当直・オンコールへの対応、既存システムとの連携可否を重点的に比較しましょう。複数のサービスを比較し、勤務形態・必要機能・連携範囲を整理したうえで、自院に合う労務管理システムを選ぶことが重要です。
最適なサービスをプロが選定します!
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著者
業界DX最強ナビ編集部
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