医療機関におすすめの経費精算システム10選|導入メリットとポイント解説
更新日 2025年11月14日
病院やクリニックでは、医師や看護師、事務スタッフなど多様な職種が関わり、学会参加費、研修旅費、備品購入など、医療機関ならではの経費処理が発生します。紙やExcelでの申請・承認では手間やミスが多く、経理業務の効率化が課題となっています。
そこで、本記事では、医療機関におすすめの経費精算システムを紹介し、それぞれの特徴や導入メリット、選定時のポイントをわかりやすく解説します。業務の効率化と法令対応を両立した、自院に最適なシステムを見つけるための参考にしてください。
ここからは、病院やクリニックなどの医療機関におすすめの経費精算システムを厳選しご紹介していきます。
ハーモス経費(経費精算)
株式会社ビズリーチ
出典:ハーモス経費(経費精算) https://www.ezsoft.co.jp/ekeihi/
ハーモス経費(経費精算)は、株式会社ビズリーチが提供する経費精算システムです。サポート体制に定評があり、導入後の定着支援まで丁寧にサポートしてくれます。
医療法人や複数拠点を持つ病院での導入実績も多く、複雑な承認ルートにも柔軟に対応。 医療現場では、学会・研修・出張などの経費精算が頻繁に発生しますが、ハーモス経費では申請から承認、振込までの流れを自動化し、処理スピードを大幅に向上できます。
また、スマホアプリによる領収書撮影や自動読取にも対応しており、外勤医や訪問看護師でも手軽に申請が可能。勤怠や会計システムとの連携により、院内の経理業務を効率化し、ヒューマンエラーを削減します。
主な機能
- 電子帳簿保存法への対応
- FBデータ自動作成・出力機能
- 請求書・領収書・レシートのOCR機能
- 仕訳データ自動作成・出力機能
楽楽精算
株式会社ラクス
出典:楽楽精算 https://www.rakurakuseisan.jp/
楽楽精算は、株式会社ラクスが提供するクラウド型経費精算システムです。医療業界を含め、国内導入実績No.1の信頼あるシステムで、学会・研修・出張旅費の管理に強みを持ちます。
特長は、自動化に特化した機能設計です。
交通系ICカードや経路検索ツールと連携して交通費を自動計算し、領収書はスマホ撮影で自動データ化。煩雑な入力作業を大幅に削減します。
医療機関特有の複数診療科・分院を跨いだ承認フローにも対応でき、電子帳簿保存法に準拠した証憑管理を実現可能です。各部署の利用状況を可視化することで、経理負担を減らしながら透明性の高い運用を支援します。
主な機能
- 電子帳簿保存法への対応
- 申請フォーマットの作 成機能
- FBデータ自動作成・出力機能
- 申請の規定違反のチェック機能
freee支出管理 経費精算Plus
freee株式会社
出典:freee支出管理 経費精算Plus https://www.freee.co.jp/houjin/keihiseisan/
freee支出管理 経費精算Plusは、freee株式会社が提供する自動会計連携型の経費精算システムです。医療法人やクリニックなど、複数会計管理が必要な組織に向いています。
特徴は、OCRによる領収書読取や自動仕訳、電子帳簿保存法対応のタイムスタンプ管理など、高度な自動化機能を標準搭載している点です。
医療機関では、看護師や医師の立替経費、学会費、備品購入などを一元的に処理でき、申請から会計登録までをワンクリックで完了可能。freee会計との連携により、月次決算のスピードを大幅に短縮し、財務情報をリアルタイムで可視化できます。
主な機能
- FBデータ自動作成・出力機能
- 請求書・領収書・レシートのOCR機能
- 仕訳データ自動作成・出力機能
- 承認ルートの分岐機能
マネーフォワード クラウド経費
株式会社マネーフォワード
出典:マネーフォワード クラウド経費 https://biz.moneyforward.com/expense
マネーフォワード クラウド経費は、株式会社マネーフォワードが提供するクラウド型経費精算システムです。中小規模の病院やクリニックから大規模医療法人まで、幅広い導入実績があります。
特徴は、OCRによる領収書自動入力や交通系ICカードとの連携による交通費自動計算。医師や職員の手入力を最小限に抑え、作業時間を大幅に削減します。
経費データはクラウド上で安全に一元管理でき、電子帳簿保存法にも対応。会計や勤怠システムとの連携も可能で、経理・人事・総務の情報を統合できます。働き方改革の一環として、紙からデジタルへの移行を検討する医療機関に最適です。
主な機能
- 電子帳簿保存法への対応
- FBデータ自動作成・出力機能
- 請求書・領収書・レシートのOCR機能
- 申請へのコメント機能
Concur Expense
株式会社コンカー
出典:Concur Expense https://www.concur.co.jp/expense-management
Concur Expenseは、株式会社コンカーが提供するグローバル標準の経費精算システムです。大手医療法人や大学病院など、組織規模 が大きく承認段階が多い現場で特に評価されています。
特長は、経費申請・承認・支払のプロセス全体をペーパーレス化できる点。法人カードやICカード、スマホ決済アプリとの連携により入力を不要にします。
また、電子帳簿保存法への完全対応に加え、監査証跡の自動記録機能を備えているため、医療機関のガバナンス強化にも貢献可能です。多拠点病院や研究機関での経費管理を効率化し、業務改革を推進するのに最適なシステムです。
主な機能
- 電子帳簿保存法への対応
- 請求書・領収書・レシートのOCR機能
- 仕訳データ自動作成・出力機能
- 承認ルートの分岐機能
J’s NAVI NEO
株式会社JTBビジネストラベルソリューションズ
出典:J’s NAVI NEO https://www.jsnavineo.com/
J’s NAVI NEOは、JTBビジネストラベルソリューションズが提供する出張・旅費精算特化型システムです。医療従事者の学会出張や研修出張に強く、出張経費の最適化に役立ちます。
特徴は、出張手配から精算までを一元化できる点。チケット手配情報を自動取得して申請・承認をスムーズにし、領収書との突合せも自動化します。
医師や看護師が自らの旅費を精算する負担を減らし、経理担当者の作業効率を大幅に改善します。出張経費の分析レポート機能も備えており、学会参加費や宿泊費の最適化に活用可能です。
主な機能
- 電子帳簿保存法への対応
- 交通手段の検索・手配
- FBデータ自動作成・出力機能
- 請求書・領収書・レシートのOCR機能
Traveler'sWAN
株式会社日立システムズ
出典:Traveler'sWAN https://www.hitachi-systems.com/ind/travelerswan/
Traveler’sWANは、株式会社日立システムズが提供する出張・経費管理システムです。医療法人や大学病院など、国内外での出張が多い組織に適しています。
特徴は、国内・海外出張の両方に対応している点。外貨入力や海外出張時の自動換算機能により、煩雑な処理を軽減します。
また、旅費精算データと航空券・宿泊予約情報を自動連携できるため、出張精算の正確性が向上。さらに、勤怠・財務・人事など外部システムとの連携にも強く、出張業務と経費処理の一体化を実現します。
主な機能
- 電子帳簿保存法への対応
- FBデータ自動作成・出力機能
- 請求書・領収書・レシートのOCR機能
- 承認ルートの分岐機能
MOT経費精算
株式会社バルテック
出典:MOT経費精算 https://www.hi-keihi.com/
MOT経費精算は、株式会社バルテックが提供するクラウド型経費精算システムです。病院やクリニックなど、少人数運営の医療機関にも導入しやすい価格設計が魅力です。
特徴は、交通費の自動計算・ICカード連携・定期区間の自動控除など、医療従事者の移動経費処理を効率化する機能を備えている点。クラウドサービスのため、システム導入に特別な環境は不要。訪問看護や往診など、外出が多い現場でもスマートフォンから簡単に申請でき ます。
院内の経理担当者も、申請内容をリアルタイムで確認・承認できるため、スピーディな運用が可能です。
主な機能
- 電子帳簿保存法への対応
- FBデータ自動作成・出力機能
- 仕訳データ自動作成・出力機能
- 承認ルートの分岐機能
チムスピ経費
株式会社チームスピリット
出典:チムスピ経費 https://www.teamspirit.com/ja-jp/service/ts/expense.html
チムスピ経費は、株式会社チームスピリットが提供する勤怠・経費・稟議を統合管理できるシステムです。病院・クリニック・介護施設など、多職種が在籍する組織に最適です。
特徴は、勤怠管理や電子稟議、経費精算をワンシステムで運用できる点。部署間でデータを連携させ、申請・承認フローをスムーズに統合できます。
経費処理では、旅費・交際費・備品購入費などを案件単位で紐づけでき、医療機関の収益性分析にも応用可能。経理・人事・総務を一体化し、業務の透明性とスピードを高めます。
主な機能
- 電子帳簿保存法への対応
- 請求書・領収書・レシートのOCR機能
- 仕訳データ自動作成・出力機能
- 承認ルートの分岐機能
ExchangeUSE XG
富士電機株式会社
出典:ExchangeUSE XG https://www.exchangeuse.com/cloud/
ExchangeUSE XGは、富士電機株式会社が提供する経費精算システムです。医療機関など、紙の運用を併用している施設に最適な“ハイブリッド型”システムです。
特徴は、電子運用と紙帳票の両立。電子申請と同時に証憑添付用紙を自動出力でき、従来の運用フローを大きく変えずにデジタル化を進められます。
また、ジョルダン乗換案内との連携による交通費自動計算や、外貨精算、仮払伝票作成など、多様な精算形態に対応。医療法人の「段階的なデジタル移行」を支援する柔軟な設計が強みです。
主な機能
- 申請フォーマットの作成機能
- 電子帳簿保存法への対応
- FBデータ自動作成・出力機能
- 申請へのコメント機能

ここからは、医療機関の経費精算で起きやすい課題について整理します。
医師や看護師をはじめとする多職種が関与し、学会参加費・研修費・医療資材の立替など多様な経費が発生する医療現場では、経理処理の煩雑さが大きな負担となっています。
紙やExcelによる申請・承認は時間と手間がかかり、ヒューマンエラーや証憑紛失のリスクが高いです。まずは、こうした現場で実際に起こりやすい課題を理解し、効率化の出発点を明確にしましょう。
医療従事者は学会発表、専門研修、院外講演や出張診療などの機会が多く、旅費交通費や参加費、抄録作成に関わる支出が定常的に発生します。また、申請件数が月末に集中し、審査側の負荷が急増しがちです。
たとえば、「学会参加は年◯回まで」「宿泊費の上限は地域ごとに設定」といった細かな規程を設けている場合もあるでしょう。こうした条件を都度確認しながら申請内容をチェックする必要があるため、承認作業にも時間がかかり、精算処理が遅れやすくなります。
このような遅延は、立替金の支払いが滞る原因となり、職員の負担や診療・研究の時間を圧迫することにもつながります。
紙やExcel主体の運用による承認フローの遅れや入力ミス
経費精算の電子化が進む一方で、紙申請やExcel台帳を併用している医療機関もまだまだ少なくありません。こうした運用では、入力ミスや承認フローの停滞といった非効率が生じやすく、経理担当者の負担が残るケースも見られます。
また 、紙の申請書やExcel台帳は、金額の桁誤りや日付の欠落、証憑の貼付漏れが発生することもあります。また、メール送付や紙回覧で承認者の机上に滞留すると、承認リードタイムが読めず、立替精算の入金予定も不透明になります。決算期や補助金申請時に突貫の照合作業が必要になり、余計な作業とストレスを生みます。
本院、分院、在宅部門など複数拠点や、診療科ごとの管理単位が多い組織では、科目やプロジェクトの紐づけ、負担部門の按分設定が複雑になります。
拠点ごとに申請様式や承認段階が異なると、統一的な可視化が難しく、どこでボトルネックが起きているか追跡できません。月次での費用実績の突合にも時間を要し、予算管理の精度が落ちてしまいます。
電子帳簿保存法では、領収書や請求書などを電子データで保存する際に「 真実性・可視性・可読性」の3要件を満たす必要があります。
これには、スキャナ保存時のタイムスタンプ付与、改ざん防止の仕組み、検索性を確保するための項目管理など、専門的な運用ルールの理解が欠かせません。 さらに医療機関では、職員情報や患者関連データなど機微性の高い情報を扱う機会が多いです。アクセス権限の厳格な設定、通信経路の暗号化、操作ログの保全など、個人情報保護の観点から高度なセキュリティ対策が求められます。
こうした要件をすべて人手で管理するのは現実的ではなく、法令対応を標準化できる経費精算システムの導入が重要となっています。

ここからは、経費精算システムを導入したときに得られる主要な効果を解説します。投資効果の見取り図を持つと、現場の合意形成が進みます。
申請・承認・振込までのフローを自動化し業務効率を大幅改善
申請フォームのガイダンス、承認経路の自動分岐、仕訳・振込データの自動生成までを一気通貫で構築すると、担当者の手作業は大幅に削減できます。また、規程に沿った上限チェックや証憑必須制御を画面で行えるため、差戻しも減ります。
結果として申請から入金までのリードタイムが短縮し、立替負担の軽減とキャッシュフローの見通し向上につながります。さらに、承認ルートの可視化や進捗ステータスの自動通知により、申請者・承認者の双方が状況を把握しやすくなり、部署間のコミュニケーションロスも防げます。
レシート読取(OCR)や交通系IC・経路検索サービスとの連携により、金額・日付・店舗名・乗車区間などを自動取得できます。入力ミスや二重計上の検知が容易になり、精算の品質が安定します。人手に頼っていた突合業務が減るため、経理は分析や統制の業務に時間を割けるようになります。
さらに、領収書の画像データを自動的に電子帳簿保存法の要件に沿って保存できるシステムであれば、法令遵守と監査対応の負担を同時に軽減できます。結果として、経費データの信頼性が高まり、監査対応のスピードも向上します。
申請・承認・支払のデータが一元化されれば、拠点別や診療科別、プロジェクト別にリアルタイム集計が可能です。承認の滞留箇所や規程違反の傾向を可視化し、改善サイクルを回せます。監査用の証跡(誰がいつ何をしたか)も自動で残るため、内部統制の点検がしやすくなります。
さらに、データを分析基盤と連携させることで、費用発生の傾向や予算超過リスクを早期に把握でき、経営判断にも活用できます。これにより、ガバナンスの強化と経営の透明性向上の両立が可能になります。
法令対応(電子帳簿保存法・内部統制)を標準化できる
電子帳簿保存法に対応したタイムスタンプ、改ざん防止、検索要件を満たす製品を選べば、法令対応の運用を標準化できます。監査人や税務調査への提示がスムーズになり、証憑原本の保管コストや探し回る時間を削減できます。
また、内部統制の観点からも、申請・承認・支払の各工程に自動的に履歴が残るため、後から経路を確認できる安心感があります。法改正時にもシステム側でアップデート対応できるため、運用の負担を最小限に抑えながらコンプライアンスを維持できます。
医療機関が経費精算システムを選ぶ際のチェックポイント

経費精算システムは、単に「申請を電子化するツール」ではなく、医療機関全体の業務効率とガバナンスを左右する重要な基盤です。診療報酬や補助金など公的資金に関わる要素も多く、一般企業とは異なる運用要件が求められます。
導入を成功させるには、業界特有の勘定科目や仕訳ルール、セキュリティ基準、そして現場職員の運用しやすさを総合的に評価することが欠かせません。
ここでは、医療機関が経費精算システムを選ぶ際に確認しておきたい主なチェックポイントを詳しく解説します。
医療機関では、業界特有の勘定科目や仕訳ルールに対応できる経費精算システムを選ぶことが重要です。学会費・研究費・医療材料費・寄附金などは、資金源や用途により計上先が異なります。システムがこれらのルールに柔軟に対応できないと、会計データの整合性が崩れ、後工程で手動修正が発生する恐れがあります。
たとえば、「研究費の一部を助成金から支出する」ケースでは、仕訳設定や補助科目を自在に扱えなければミスの原因になります。マスタ設定の自由度や会計ソフトとの自動連携機能を確認し、自院の会計方針に合わせた運用ができるかを見極めることが大切です。
医療従事者は院外での活動が多く、移動中にも経費申請の機会が発生します。スマートフォンやタブレットで簡単に申請・承認ができるモバイル対応はとても便利です。
領収書を撮影して即時アップロードできる機能や、交通系ICカード・経路検索アプリとの連携に より、手入力を減らし申請漏れを防げます。さらに、オフライン環境でも下書き保存ができる仕様や、二要素認証・端末ロックなどのセキュリティ対策も重宝する機能です。現場のワークスタイルに合った柔軟な操作性が、定着と効率化の鍵になります。
経費精算システムを選ぶ際は、法令準拠とセキュリティ体制の両立を必ず確認しましょう。医療機関では職員や患者に関する個人情報、さらには財務データも扱うため、通信の暗号化・アクセス権限の細分化・操作ログの保存が欠かせません。
加えて、電子帳簿保存法に対応したタイムスタンプ付与や改ざん防止機能、検索要件への適合性が担保されていることが重要です。システムベンダーがISMSなどの第三者認証を取得しているか、法改正時のアップデート対応があるかも確認しましょう。安全性と法令対応を両立することが、医療機関の信頼維持につながります。
経費精算システムは単独で機能するものではなく、会計ソフトや勤怠管理、購買・稟議システムなどと連携して初めて真価を発揮します。これらが連携できないと、データの二重入力や転記ミスが発生し、逆に業務が煩雑化する恐れがあります。
API連携やCSV連携の柔軟性を確認し、自院が利用している既存システムとの互換性を見極めることが大切です。また、職員マスタや組織構成の変更を自動反映できる設計であれば、運用負荷を大幅に軽減できます。連携範囲を明確にし、将来的な拡張性まで見据えた選定を行いましょう。
システム導入時には、初期費用や月額利用料だけでなく、運用・保守・サポート体制を含めた総コストを把握することが重要です。特に医療機関では、交代勤務や夜間シフトなど多様な働き方が存在するため、サポート窓口の対応時間や問い合わせ手段(チャット・電話・メールなど)も選定基準に含めましょう。
導入研修やマニュアル提供、トレーナー育成支援があるベンダーを選ぶと、現場の定着がスムーズです。また、アップデートや機能改善の頻度、ユーザー要望への対応姿勢も長期運用の満足度を左右します。

経費精算システムを導入する際は、設定作業や教育体制を整えるだけでなく、運用開始後の定着と改善も見据えた設計が必要です。医療機関では診療科や職種が多く、承認ルートや業務ルールが複雑になりやすいため、導入時に現場とすり合わせを怠ると形骸化しやすくなります。さらに、法令遵守・セキュリティ・他システム連携など、医療特有の要件も多岐にわたります。
ここでは、導入フェーズと運用フェーズの両面から注意すべきポイントを整理し、安定稼働のための実践的な視点を解説します。
医療機関特有の業務フローと承認ルートの整合性を確認する
経費精算システムを導入する際は、既存の業務フローと承認ルートの整合性を丁寧に確認することが欠かせません。なぜなら、医療機関では診療科・職種・役職によって承認経路が異なり、設定ミスがあると差戻しや滞留が頻発するからです。
たとえば、医師の出張申請は「科長→事務長→経理」となる一方、看護師の研修費は「看護部長→事務部→経理」と異なるケースがあります。こうした差異を把握したうえで、例外処理(緊急出張など)も含めてルート設計を行えば、運用後の混乱を防げます。承認プロセスを可視化し、関係部署で合意形成を図ってから導入を進めることが成功の鍵です。
経費精算システムを円滑に定着させるには、現場職員のITリテラシーに合わせた教育体制が不可欠です。医療従事者は多忙で勤務形態も多様なため、通常の集合研修だけでは十分な浸透が難しいのが現実です。
たとえば、短時間で学べる動画マニュアルや操作ガイドを用意し、夜間・休日対応のヘルプデスクを設けると定着率が高まります。部署ごとにトレーナーを配置して質問対応を分散させるのも効果的です。現場が安心して使える環境を整えることで、システムの利用率と業務効率が大きく向上します。
病院・クリニックに求められる法令遵守とセキュリティ対策を確認する
経費精算システム導入では、法令遵守とセキュリティ体制の確保を最優先に考える必要があります。理由は、経費データに職員や患者の個人情報が含まれる場合があり、漏えいリスクを最小限に抑える体制が求められるためです。
たとえば、アクセス権限の細分化、通信の暗号化、操作ログの長期保存、クラウド事業者のISMS認証などを確認すると安心です。さらに、電子帳簿保存法や個人情報保護法の改正にも柔軟に対応できる製品を選べば、長期運用にも耐えられます。適切な体制を整えることで、法令対応と信頼性を両立できます。
会計・勤怠・購買システムとの連携性とコストバランスを見極める
経費精算システムは他システムとの連携性が重要です。たとえば、会計ソフトと仕訳データを自動連携すれば、経理担当者の手作業を削減できます。
また、勤怠システムと連携して出張申請を自動反映できれば、入力の手間も軽減されます。APIやCSV連携の柔軟性を確認し、初期費用と保守コストの両面から投資効果を比較しましょう。最適な連携設計が、長期的な業務効率化につながります。
医療現場に適したサポート体制と運用改善サイクルを確保する
システム導入後は、サポート体制と運用改善の仕組みを確立することが重要です。医療機関は24時間体制で動くため、トラブル発生時に迅速な対応ができる仕組みが欠かせません。
たとえば、障害時の連絡ルートや復旧目標時間(RTO)の明確化、定期的なレビュー会で改善状況を共有する体制があると安心です。また、ベンダーがアップデートや改善提案を継続的に行うかも確認すべきポイントです。現場の意見を反映しながら運用を改善することで、長期的に安定したシステム活用が実現します。
まと め|医療機関に合った経費精算システムで業務効率化を実現
経費精算システムは、医療機関に特有の複雑な承認フローや勘定処理を標準化し、業務効率化と法令遵守を同時に実現できる強力なツールです。紙やExcel運用を脱却することで、ミスや遅延を防ぎ、医師・看護師・事務職員など、すべての職種の負担を軽減できます。
さらに、経費データを一元管理することで、監査対応や経営判断の精度も高まります。導入時は複数のシステムを比較し、機能・コスト・サポート体制を総合的に検討することが大切です。自院に最適なシステムを選び、現場と一体で運用を根づかせ、より安心で効率的な医療体制を築いていきましょう。